黄河流域局监测与科研中心是生态环境部黄河流域生态环境监督管理局直属二级机构，为独立法人公益二类事业单位。2019年5月中央编办以《中央编办关于生态环境部流域生态环境监督管理局事业单位机构编制的批复》（中央编办复字〔2019〕38号）批准组建，在国家事业单位登记管理局登记管理，统一社会信用代码为12410000F698411069。
根据生态环境部批复的黄河流域局监测与科研中心“三定规定”，主要职责为承担所在流域生态环境监测、评价和科学研究等工作，为流域生态环境监管提供支持保障。具体为：
1. 承担流域生态环境监测、评价，以及监测网络建设、监测质量控制等工作；
2. 承担流域生态环境规划、政策、法律、法规、标准、技术规范、生态保护补偿方案，以及水功能区划等编制工作；
3. 开展流域水功能区纳污能力和限制排污总量测算；
4. 承担规划环评技术审查、项目环评评估、排污许可技术审查、入河排污口设置审查管理等技术支持工作；
5. 承担跨界饮用水水源保护区划定、规划后评估和环评后评估等技术支持工作；
6. 承担流域内生态环境保护督察、执法、纠纷调处、应急等技术支持工作；
7. 承担信息化建设技术支持工作；
8. 开展流域生态环境科学研究，以及流域环境污染治理、生态保护与修复等方面的基础和应用研究；
9. 开展国际合作与交流、业务培训、咨询服务等工作；
10. 承担黄河流域生态环境监督管理局交办的其他工作。
办公室、党委办公室（人事处）、财务处、科技处、监测网络与信息管理处、水环境监测室、生态监测室、规划与评估中心、多泥沙河流和干旱地区生态环境研究与应用中心。
1975年，原水利电力部批复成立“黄河水源保护办公室”（即后来的“黄河流域水资源保护局”和机构转隶生态环境部后成立的“黄河流域生态环境监督管理局”的前身）。1978年，原水利电力部批复成立“黄河水质监测中心站”（即现黄河流域局监测与科研中心前身）。
1991年，黄河水质监测中心站曾更名为“黄河流域水环境监测中心”；2002年更名为“黄河流域水环境监测管理中心”；2012年变更回“黄河流域水环境监测中心”。
2019年随生态环境部黄河流域生态环境监督管理局一同转隶，并被命名为“生态环境部黄河流域生态环境监督管理局生态环境监测与科学研究中心”。
我中心从事黄河流域水环境监测40余年，在流域水环境与水生态监测、监测站网规划与运行管理、水环境监测行业管理、信息化应用、“三水统筹”等方面具有扎实专业底蕴、管理经验和地域优势。转隶前履行流域监测站网管理、水质监测资料整汇编、水质评价与信息发布、监测质量管理等职能，在流域水资源管理与保护中发挥了重要支撑作用。转隶后，积极为流域生态环境质量状况评价、生态环境保护成效评估与考核、生态环境监督管理与决策提供技术支撑。
“三水统筹”方面：拥有多年系列黄河流域水文水资源和水环境监测资料，实施大量水质水量联合评价、生态流量水量基础应用研究、水生态调查监测评估工作，具有流域机构在水资源、水生态、水环境“三水统筹”方面的专业技术优势。
水生态监测方面：自1970年代以来，先后在黄河干支流、重点水库等区域开展系列水生态监测及相关研究工作，积累了丰富经验和成果。2020-2022年，连续三年组织开展黄河流域水生态调查监测工作，范围覆盖黄河流域干流、主要支流和重点湖库；同期组织实施水生态监测评价方面研究工作，完成乌梁素海、岱海、沙湖、小浪底水库、东平湖等黄河流域重点湖库水生态环境质量调查与评估。
多泥沙河流监测与科研方面：长期从事黄河流域涉水生态环境监测工作，并结合黄河多泥沙特点开展大量基础和应用性研究，其中包括：特征污染物原型黄河纵向扩散系数试验研究，泥沙对水生生物及鱼类积累效应影响实验研究，基于黄河中下游重点河段水沙动力学、污染物迁移转化及建模等技术研究构建水质模型。在水资源调查与评价、生态环境监测与评价、突发生态环境事件应急监测、多泥沙河流水质监测标准与规范制订、干旱半干旱与荒漠化区域生态评价指标体系建设、生态环境监测信息化及其数据集成应用等成果丰硕。
